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Good practice

Plateforme suisse de surveillance des pathogènes (SPSP) — Surveillance épidémique génomique par IA

Switzerland · Lausanne · See the Switzerland profile

La SPSP intègre l’analyse génomique par IA pour détecter les variants pathogènes en Suisse. Mandatée par l’OFSP depuis 2021, elle a traité 165 000+ isolats SARS-CoV-2, transmet des rapports 3×/semaine et s’est classée 4e mondiale pour les séquences partagées.

165,089
Isolats de SARS-CoV-2 detenus (2024)
1,293
Isolats de grippe et de VRS (2024)
235
Autres isolats viraux (2024)
7,194
Jeux de donnees d'eaux usees (2024)
26
Cantons couverts
Plateforme suisse de surveillance des pathogènes (SPSP) — Surveillance épidémique génomique par IA

Details

Maturity
Established
Promoter
SIB Swiss Institute of Bioinformatics / Swiss Federal Office of Public Health
Period
2021–present
Keywords
public health, disease surveillance, genomics, epidemiology

Context

La Swiss Pathogen Surveillance Platform (SPSP) est une infrastructure nationale de surveillance genomique dotee d'intelligence artificielle, developpee par le SIB Swiss Institute of Bioinformatics sur mandat de l'Office federal de la sante publique (OFSP). Etablie pendant la COVID-19 (2020-2021), elle couvre desormais aussi la grippe, le VRS et d'autres agents pathogenes prioritaires.

Activities

La SPSP agrege les sequences de genome complet de laboratoires de l'ensemble des 26 cantons suisses, applique une analyse phylogenetique automatisee fondee sur l'apprentissage automatique pour classer les variants et transmet des rapports de surveillance a l'OFSP trois fois par semaine, en partageant les donnees ouvertement sur GISAID.

Results

En 2024, la plateforme detenait 165 089 isolats de SARS-CoV-2, 1 293 isolats de grippe et de VRS, 235 autres isolats viraux et 7 194 jeux de donnees d'eaux usees, et a ete citee au niveau international comme modele d'integration de la surveillance nationale des agents pathogenes.

Implementation

Implementation detail (cost, timeline, staffing, conditions for success) is not yet available for this practice.

Data sources

Where this practice's information was retrieved from, and when.

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